تأسس فرع الأحياء المجهرية عام 2006 , وهو يعنى بتهيئة كادر متخصص في مجال الطب البيطري وفق المعايير العالمية والريادة في التعليم البيطري والبحث العلمي لتشخيص وعلاج أهم الأمراض البيطرية التي تصيب الحيوانات وخاصة الأمراض الشائعة في العراق. وكذلك معني برفد الطلبة بأساسيات علم الأحياء المجهرية متضمنة الجراثيم والفيروسات والفطريات والطفيليات وعلم المناعة .